El juego de las proteínas: Foldit

Las Proteínas

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puzzle del juego de las proteínas

El concepto juego multijugador online trae a la mente juegos como "World of Warcraft" y "Ultima". El Instituto Médico Howard Hughes (HHMI) en la Universidad de Washington introduce la creación de proteínas en esta linea de juegos con el lanzamiento de "Foldit", un juego gratuito en el que los jugadores de todo el mundo compiten diseñando proteínas.

El beneficio del mundo real: Los científicos probarán las proteínas diseñadas por los jugadores del juego para ver si son compuestos que podrían ser viables para nuevos medicamentos. De esta forma, jugadores de todo el mundo pueden ayudar en la investigación de enfermedades como el SIDA, Cáncer o Alzheimer.

El desarrollo del juego en línea es una extensión natural de la búsqueda del investigador del HHMI, David Baker, para comprender las proteínas. Durante la última década, Baker y sus colegas han realizado progresos constantes en el desarrollo de algoritmos informáticos para predecir cómo una cadena lineal de aminoácidos se plegará en la forma característica de una proteína determinada. La comprensión detallada de la estructura de una proteína puede ofrecer a los científicos una gran cantidad de información revelar complejidades de la función biológica de las proteínas y sugerir nuevas ideas para el diseño de medicamentos.

Cómo surgió el juego de las proteínas

creacion-proteina-folditLa predicción de las formas que tomarán las proteínas naturales es uno de los desafíos actuales de la biología, e incluso el modelado de una proteína pequeña requiere de la ejecución de trillones de cálculos. En los últimos tres años, los voluntarios de todo el mundo, actualmente cerca de 200.000, han donado parte del tiempo de su equipo para realizar esos cálculos en una red distribuida llamado Rosetta. La lógica detrás de la red informática es un algoritmo llamado Rosetta que utiliza la técnica de Monte Carlo para encontrar el mejor "ajuste" para todas las partes de una proteína determinada.

Pero como los voluntarios de Rosetta observaban a sus ordenadores a ciegas tratando de encontrar una solución metódicamente probando todas las combinaciones posibles y la forma de conseguir el mejor ajuste, comenzaron a pensar que un poco de intervención humana podría acelerar las cosas.

Baker no sabía cómo podría lograrlo hasta hace un par de años, cuando estaba haciendo senderismo en el monte Rainier con su vecino David Salesin, de la Universidad de Washington, científico de la computación que también tiene un laboratorio de investigación en las inmediaciones de Adobe Systems. Baker y Salesin comenzaron a discutir formas de hacer que Rosetta fuera más interactiva. Salesin pensó que un juego multijugador online era el camino a seguir. Salesin dio a Baker los nombres de tres colegas, liderados por el científico computacional de UW Zoran Popovic, que podrían ayudar a Baker a crear el juego.

Durante los siguientes meses, el estudiante de doctorado Seth Cooper, Adrien, y el investigador postdoctoral Treuille, en colaboración con Popovic y Baker, crearon el programa y el equipo lo probó en pequeña escala. Un juego entre los equipos de la Universidad de California y la Universidad de Illinois despertó fervor y vítores inesperados entre los espectadores. "30 o 40 personas participaron", dice Baker. "La competencia fue muy intensa."

"Foldit" lleva a los jugadores a través de una serie de niveles de práctica diseñados para enseñar los fundamentos del pliegue de proteínas, antes de darles rienda suelta con proteínas verdaderas de la naturaleza. "Nuestro objetivo principal era asegurarse de que cualquier persona podría hacerlo, aunque no supiera lo que es la bioquímica o el pliegue de proteínas", dijo Popovic.

Objetivos del juego de las proteínas

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Baker tiene grandes esperanzas de que el juego acelere la, a veces aburrida, predicción de la estructura. Las nuevas proteínas podrían ser útiles en multitud de aplicaciones, desde productos farmacéuticos a productos químicos industriales, para limpiar la contaminación. Con la capacidad de cualquier persona con una computadora y una conexión a Internet para iniciar la construcción de proteínas, Baker piensa que el ritmo de descubrimientos podría aumentar vertiginosamente. "Mi sueño es que un niño de 12 años de Indonesia resulte ser un prodigio y construya una curación para el VIH", dice.

Descargar el juego de las proteínas

Los usuarios pueden acceder al juego a través de la web en www.fold.it. El juego está disponible en versiones para Windows, Mac y Linux.

Valoración: 4.5/5 (19 valoraciones)

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