Las proteínas conjugadas consisten en proteínas simples combinadas con algún componente no proteico. Los grupos no proteicos se llaman grupos prostéticos.

A continuación veremos los tipos de agrupaciones de las proteínas conjugadas.

• Nucleoproteínas: (Proteína + ácido nucleico). Las nucleoproteínas son proteínas combinadas con ácidos nucleicos. En las truchas, las nucleoproteínas de los espermatozoides constituyen el 90% del material sólido y en los núcleos de eritrocitos, casi el 100% de las nucleoproteínas son combinaciones de ácidos nucleicos con protaminas de proteína básica simple. Las nuclehistonas son combinaciones de ácidos nucleicos con la proteína básica de la histona simple. Además, existen varias proteínas ácidas, las proteínas no histonas.
• Glicoproteínas (Proteínas + carbohidratos): Las glicoproteínas son proteínas combinadas con carbohidratos. En la mayoría de las glicoproteínas, la unión se hace entre las asparaginas (ANS) y N-acetil-D-glucosamina (GIcNAc). Las glándulas salivales y las glándulas mucosas del tracto digestivo segregan mucoproteínas en las que se combinan N- acetilglicosamina y serinel treonina de la proteína. Las glicoproteínas se dividen en dos categorías principales, las intracelulares y las secretoras. Las glicoproteínas intracelulares están presentes en las membranas celulares y tienen un papel importante en la interacción y el reconocimiento de la membrana. Algunos ejemplos de glicoproteínas secretoras son: glicoproteínas plasmáticas, segregaciones del hígado, tiroglobulina, segregaciones de las glándulas tiroideas, inmunoglobulinas, segregaciones de las células plasmáticas, ovoalbúmina, segregaciones por el oviducto de la gallina, ribonucleasa, la enzima que descompone el ARN y la desoxirribonucleasa, la enzima que descompone el ADN.
• Fosfoproteínas (proteína + fosfato): Las fosfoproteínas son proteínas combinadas con un radical que contiene fosfato, distinto de un ácido nucleico o de un ácido fosfolípido. Unos ejemplos de fosfoproteínas son la caseína de la leche y el ovovitellin de los huevos.
• Cromoproteínas: Éstas son las proteínas, combinadas con un grupo prostético, es decir, un pigmento. Algunos ejemplos de cromoproteínas son los pigmentos respiratorios de hemoglobina y de hemocianina, púrpura visual o la rodopsina que se encuentra en los bastones de los ojos, los flavoproteínas y los citocromos.
• Lipoproteínas: Estas son unas proteínas conjugadas con lípidos. Hay cuatro tipos de lipoproteínas, las lipoproteínas de alta densidad (HDL) o las a-lipoproteínas, las lipoproteínas de baja densidad (VLDL) o las lipoproteínas pre-β y los quilomicrones.
• Metaloproteínas: Estas son proteínas conjugadas con iones metálicos que no forman parte del grupo prostético. Entre éstas se incluyen la ceruloplasmina, una enzima con actividad oxidasa que puede transportar cobre en el plasma y ​​el siderofilin que se encuentra en el hierro.

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